Se entiende por ecosistemas acuáticos a todos aquellos ecosistemas que tienen por biotopo algún cuerpo de agua, como pueden ser: mares, océanos, ríos, lagos,pantanos etc. Los dos tipos más destacados son: los ecosistemas marinos y losecosistemas de agua dulce.
Se diferencian cuatro tipos principales de ecosistemas acuáticos no marinos en Colombia:
Ríos y otros sistemas de aguas corrientes (sistemas lóticos).
Lagos y otros sistemas de aguas lentas (sistemas lénticos).
Ciénagas y otros humedales (sistemas de aguas estancadas o de flujo reversible).
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